El Sistema de gestión de AMPROS está diseñado en base a tres pilares que giran en torno a la persona con discapacidad intelectual o del desarrollo y su familia. La calidad de vida de la persona es el pilar fundamental, ya que todos los apoyos prestados en AMPROS van dirigidos a que cada persona pueda lograr una mejora en su calidad de vida. Estos apoyos son prestados desde un sistema de calidad dirigido a evidenciar los resultados en las personas y siempre dentro de un marco ético determinado.
La Gestión de la Calidad es uno de los ejes que ha guiado el trabajo de la asociación en los últimos años con el objetivo de alcanzar la implantación del Modelo Europeo de Gestión de Calidad (EFQM).